Produktai

Neseniai pranešėme, kad pireno nukleotidas pirmiausia įterpiamas priešais abazinę vietą, timino dimero 3'-T, o dauguma nepažeistų bazių mielių DNR polimerazės eta (pol eta).Kadangi pirenas yra nepolinė molekulė, neturinti H surišimo galimybių, neįprastai didelis dPMP įterpimo efektyvumas yra priskiriamas jo pranašesniam bazių kaupimo gebėjimui ir pabrėžia bazių sudėjimo svarbą nukleotidų parinkimui pol eta.Norėdami ištirti H-jungimo ir bazių porų geometrijos vaidmenį atrenkant nukleotidus pagal pol eta, nustatėme baze modifikuotų nukleotidų 2,6-diaminopurino, 2-aminopurino, 6-chlorpurino ir inozino įterpimo efektyvumą. padarykite skirtingą skaičių H jungčių su šablono pagrindu, priklausomai nuo bazinės poros geometrijos.Atrodo, kad Watson-Crick bazių poravimas vaidina svarbų vaidmenį parenkant nukleotidų analogus įterpti priešais C ir T, kaip rodo santykinio įterpimo efektyvumo sumažėjimas sumažėjus Watson-Crick H jungčių skaičiui ir padidėjus donoro-donoro ir akceptoriaus-akceptoriaus sąveikų skaičius.Nukleotidų įterpimo selektyvumas yra didesnis priešais 5'-T nei timino dimero 3'-T, atsižvelgiant į ankstesnį darbą, kuris rodo, kad 5'-T laikomas griežčiau nei 3'-T.Be to, atrodo, kad A įterpimas priešais abiem dimero T yra Watson-Crick bazių poravimas, o ne Hoogsteen bazių poravimas, pagrįstas beveik identišku A ir 7-deaza-A įterpimo efektyvumu, iš kurių pastarajam trūksta H- sukibimo galimybė prie N7.Santykinis nukleotidų, galinčių sudaryti Watson-Crick bazių poras, įterpimo efektyvumas yra lygiagretus Klenow fragmento efektyvumui, tuo tarpu Klenow fragmentas labiau diskriminuoja neatitikimus, atsižvelgiant į didesnį formos selektyvumą.Šie rezultatai pabrėžia H-jungimo ir Watson-Crick bazių poros geometrijos svarbą atrenkant nukleotidus tiek pol eta, tiek Klen ow fragmentu, ir mažesnį formos atrankos vaidmenį įterpiant pol eta, nes jis yra atviresnis ir mažesnis. apribota aktyvi svetainė.